自然成熟蜜在保存得当的前提下几乎能永不变质，但蜂蜜作为食品销售时又必须要标注保质期，因此蜂蜜的保质期多被标注成两年或18个月。
蜂蜜虽然没有严格意义的保质期，但若保存不当时蜂蜜也极易发生变质，变质后的蜂蜜主要有以下四个特征，其一是蜂蜜变质后往往有大量气泡产生，其二是蜂蜜变质后往往有浓郁的酵酸味，其三是蜂蜜变质后往往有明显的酒精味，其四是蜂蜜变质后质地往往也会变得特别的稀。若已变质则不能再食用，原因是蜂蜜变质多是微生物大量繁殖导致的，微生物繁殖的同时会产生大量的有毒物质，若继续食用不但会引起胃肠功能絮乱，而且会损害肝脏、肾脏和膀胱等器官。
蜂蜜保存方法：第一是蜂蜜不能用铁、铜等金属容器来保存，第二是蜂蜜保存过程中要严格密封好，第三是蜂蜜不能和有毒或易串味的东西一起保存，第四是蜂蜜一定要用干燥且卫生的勺子取用。