蜂蜜没有严格的保质期，保存方法得当，是可以长久保存，几乎不会变质，放上几年都没有问题，但如果保存不得当密封不完整，放在潮湿或者是照晒的情况下放4－5天可能就变质了，蜂蜜需要避光保存，以免蜂蜜中的维生素等物质见光分解，蜂蜜在15到20度左右，通风干燥的环境下保存。浓缩蜂蜜和天然蜂蜜不同，如果是浓缩蜂蜜是加入了一些发酵粉，存在保质期，所以，如果是浓缩蜜保存期一般在两年或一年半。但作为食品上市的蜂蜜，根据《食品法》都要在食物上标明保质期，因此，蜂蜜生产厂家一般把蜂蜜保质期定2年或者18个月。
蜂蜜保质期很长的原因主要有三点，其一是蜂蜜是糖的过饱和溶液，内部的渗透压非常大，大多数微生物很难在这样的环境中生存，其二是蜂蜜的酸性环境不适合微生物生存，其三蜂蜜中本身也含有一定量的抑菌物质可以抑制微生物的生长，当然前提必须是天然成熟的蜂蜜，值得注意的是蜂蜜最怕酵母菌，若保存不当而受到酵母菌的污染时很快会发酵变质。