蜂蜜有保质期，蜂蜜由于浓度极高，渗透压大，进入其中的细胞会严重脱水死亡，所以蜂蜜不易变质。作为食品上市的蜂蜜，根据《食品法》都要在食物上标明保质期，因此，蜂蜜生产厂家一般把蜂蜜保质期定2年或者18个月。
蜂蜜适宜的存放温度在5℃至10℃的范围内，最好放在干燥、清洁、通风、避免阳光照晒的室内，这样可以避免蜂蜜品质的变化另外需要注意的是，因为蜂蜜具有吸湿性，蜂蜜容器不紧密，容易造成蜂蜜吸收空气中的水分，从而引起蜂蜜部分结晶以及蜂蜜发酵现象，因此蜂蜜贮存一定要密封贮存。由于蜂蜜是属于弱酸性的液体，能与金属起化学反应，在贮存过程中接触到铅、锌、铁等金属后，会发生化学反应。因此，应采用非金属容器如陶瓷、玻璃瓶无毒塑料桶等容器来贮存蜂蜜。蜂蜜在贮存过程中还应防止串味、吸湿、发酵、污染等。为了避免串味和污染，不得与有异味物品（如汽油、酒精、大蒜等）腐蚀性的物品（如化肥、农药、石灰、碱、硝等）或不卫生的物品（如废品、畜产品等同储存）。