1、氧化类杀菌机理是释放出新生态原子氧、氧化菌体中的活性基团；杀菌特点是作用快而强，能杀死所有微生物，包括细菌芽孢、病毒。以表面消毒为主，如二氧化氯、双氧水、臭氧、次氯酸钠等，该类消毒剂为灭菌剂。
2、醛类杀菌机理是使蛋白变性或烷基化；杀菌特点是对细菌、芽孢、真菌、病毒均有效。但温度影响较大。如甲醛、戊二醛等。该类消毒剂可做灭菌剂使用。
3、酚类杀菌机理是使蛋白变性、沉淀或使酶系统失活；杀菌特点是对真菌和部分病毒有效。
4、醇类杀菌机理是使蛋白变性，干扰代谢；杀菌特点是对细菌有效，对芽孢、真菌、病毒无效，如乙醇、异丙醇等。该类消毒剂为中效消毒剂，只能用于一般性消毒。