蜂蜜没有严格意义上的保质期，蜂蜜是糖的过饱和溶液且内部渗透压极大，加之蜂蜜中还富含葡萄糖氧化酶等天然抗菌物质，进入其中的细胞会严重脱水死亡。自然成熟蜜在保存得当的前提下不易变质。作为食品上市的蜂蜜，根据《食品法》都要在食物上标明保质期，因此，蜂蜜生产厂家一般把蜂蜜保质期定2年或者18个月。
但若保存不当时蜂蜜也极易发生变质，变质后的蜂蜜主要有以下四个特征，其一是蜂蜜变质后往往有大量气泡产生，其二是蜂蜜变质后往往有浓郁的酵酸味，其三是蜂蜜变质后往往有明显的酒精味，其四是蜂蜜变质后质地往往也会变得特别的稀。
蜂蜜储存时应放在阴凉、干燥、清洁、通风处，温度保持在5～10℃。空气湿度不超过75%的环境中。装蜂蜜的容器要盖严，防止漏气，减少蜂蜜与空气接触。