首先，在两个公司的挂靠往来过程中，需要建立账户、明确账户的收支账目，以及确定账户余额等，以便对两者进行资金流转。进行财务会计处理时，应当按照一般收付款原则，以及账户处理原则，确定挂靠帐户的收支，并建立收支帐户收支明细表，并结转账户余额。
比如：公司A挂靠给公司B的账户，首先公司A支付给公司B的帐户，公司B于此账户上支付给公司A的帐户，此时双方应当将收支明细表和账户余额汇总起来，分别列出双方的账户总金额，以便于计算收支帐户的余额和平衡。
在所有收支账目清楚明确之后，按照两个公司挂靠往来的协议进行最终核算时，双方应当根据收支明细表，统计公司A与公司B对应的收支数量，并将其在银行或资金中的相应数量定义为同一标准，以便最后进行结算和结转，最后将双方的账户余额进行核算，以便确定最终的账户余额。
拓展知识：
账户处理原则是根据实际情况归类，对对账户收支情况进行符合实际的分类和核算，并确定有效的收支原则，以保证有效处理收支账目。有效处理收支账目，有效防止账户资金不明科目的发生，保证账户收支的准确和及时性，以及账户的账务的准确全面。
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