秦岭别墅被查主要是因为该别墅未经相关部门批准，私自占用耕地建设，并且严重破坏了秦岭生态环境而造成的，因此在习近平总书记先后6次的批示和指示下，相关部门对违规别墅进行彻查、拆除、园林连同土地一起退还给集体。
